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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Suínos e Aves. Para informações adicionais entre em contato com cnpsa.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
04/10/2019 |
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Data da última atualização: |
04/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOREIRA, G. C. M.; SALVIAN, M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; REECY, J. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; GARRICK, D.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, ESALQ; MAYARA SALVIAN, ESALQ; CLARISSA BOSCHIERO, ESALQ; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ; JAMES M. REECY, Iowa State University/Department of Animal Science; THAIS FERNANDA GODOY, ESALQ; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; DORIAN J. GARRICK, Massey University/ School of Agriculture; GERSON BARRETO MOURÃO, ESALQ; LUIZ LEHMMAN COUTINHO, ESALQ. |
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Título: |
Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 20, n. 669, 2019. |
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DOI: |
10.1186/s12864-019-6040-3 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs were identified in TNFSF11, NR4A2 or ITGB4 genes. Conclusions: The results from this study provide novel insights to understand the genetic architecture of internal organ traits in chickens. The QTL detection performed using a high density SNP array covered the whole genome allowing the discovery of novel QTL associated with organ traits. We identified PCGs within the QTL involved in biological processes that may regulate internal organ growth and development. Potential functional genetic variations were identified generating crucial information that, after validation, might be used in poultry breeding programs to reduce the occurrence of metabolic disorders. MenosAbstract Background: Poultry breeding programs have been focused on improvement of growth and carcass traits, however, this has resulted in correlated changes in internal organ weights and increased incidence of metabolic disorders. These disorders can affect feed efficiency or even cause death. We used a high density SNP array (600 K, Affymetrix) to estimate genomic heritability, perform genome-wide association analysis, and identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with internal organ traits in an F2 chicken population. We integrated knowledge of haplotype blocks, selection signature regions and sequencing data to refine the list of PCGs. Results: Estimated genomic heritability for internal organ traits in chickens ranged from low (LUNGWT, 0.06) to high (GIZZWT, 0.45). A total of 20 unique 1 Mb windows identified on GGA1, 2, 4, 7, 12, 15, 18, 19, 21, 27 and 28 were significantly associated with intestine length, and weights or percentages of liver, gizzard or lungs. Within these windows, 14 PCGs were identified based on their biological functions: TNFSF11, GTF2F2, SPERT, KCTD4, HTR2A, RB1, PCDH7, LCORL, LDB2, NR4A2, GPD2, PTPN11, ITGB4 and SLC6A4. From those genes, two were located within haplotype blocks and three overlapped with selection signature regions. A total of 13,748 annotated sequence SNPs were in the 14 PCGs, including 156 SNPs in coding regions (124 synonymous, 26 non-synonymous, and 6 splice variants). Seven deleterious SNPs we... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Deleterious mutations; Genomic heritability; GWAS; Metabolic disorders. |
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Thesagro: |
Avicultura; Genética Animal; Genoma; Melhoramento Genético Animal. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Gizzard; Heart; Intestines; Liver; Lungs; Metabolic diseases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
08/01/2018 |
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Data da última atualização: |
08/03/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
TRANCOLIN, H.; IOST, R.; BATISTA, E. R. |
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Afiliação: |
HELOISE TRANCOLIN, UFSCar; REGIANE IOST, Faculdade de Ensino Superior e Formação Integral - Garça. |
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Título: |
Avaliação da severidade de ferrugem e desenvolvimento de plantas de café cultivadas em experimento FACE ("Free Air Carbon Dioxide Enrichment"). |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Summa Phytopathologica, v. 43, Feb. 2017. Supplement. Resumos do Congresso Paulista de Fitopatologia, 40., 2017, Campinas. Ref. 052. |
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Páginas: |
p. 1-9 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O clima do planeta vem se alterando gradativamente nas últimas décadas em consequência da intensificação das atividades antrópicas, como a queima de combustíveis fósseis e mudanças no uso da terra, que são responsáveis por alterações em diversos componentes do ambiente, como o dióxido de carbono (CO?), o ozônio (O3) e a radiação ultravioleta-B (UV-B). Considerando que o CO2 é o gás de efeito estufa que tem maior destaque devido ao maior volume de emissões, os efeitos do aumento da concentração de CO? do ar foram avaliados sobre a severidade da ferrugem e sobre o desenvolvimento de plantas de café (Catuaí Vermelho IAC 144) no ano de 2016 cultivado em duas concentrações atmosféricas de CO? em sistema - FACE (?Free Air Carbon Dioxide Enrichment?). O experimento foi realizado no campo experimental da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna-SP, (latitude 22°71?90??S, longitude 47°02?10??W, altitude de 570 m), sendo composto por 12 parcelas octogonais com laterais de quatro metros e 10 metros de diâmetro. A injeção de CO2 foi feita no período diurno, das 7 às 17h, em seis parcelas por meio de bicos injetores localizados nos lados das parcelas a 0,5m de altura do solo. Em condições de concentração elevada de CO? a severidade de ferrugem foi maior. O aumento da concentração de CO2 do ar não teve efeito sobre o desenvolvimento das plantas de café. Novas avaliações devem ser realizadas, em continuidade ao presente trabalho, para a comprovação dos possíveis efeitos da atmosfera enriquecida com CO2 e verificação da possível interação com outros fatores, como temperatura, vento e umidade relativa do ar. MenosO clima do planeta vem se alterando gradativamente nas últimas décadas em consequência da intensificação das atividades antrópicas, como a queima de combustíveis fósseis e mudanças no uso da terra, que são responsáveis por alterações em diversos componentes do ambiente, como o dióxido de carbono (CO?), o ozônio (O3) e a radiação ultravioleta-B (UV-B). Considerando que o CO2 é o gás de efeito estufa que tem maior destaque devido ao maior volume de emissões, os efeitos do aumento da concentração de CO? do ar foram avaliados sobre a severidade da ferrugem e sobre o desenvolvimento de plantas de café (Catuaí Vermelho IAC 144) no ano de 2016 cultivado em duas concentrações atmosféricas de CO? em sistema - FACE (?Free Air Carbon Dioxide Enrichment?). O experimento foi realizado no campo experimental da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna-SP, (latitude 22°71?90??S, longitude 47°02?10??W, altitude de 570 m), sendo composto por 12 parcelas octogonais com laterais de quatro metros e 10 metros de diâmetro. A injeção de CO2 foi feita no período diurno, das 7 às 17h, em seis parcelas por meio de bicos injetores localizados nos lados das parcelas a 0,5m de altura do solo. Em condições de concentração elevada de CO? a severidade de ferrugem foi maior. O aumento da concentração de CO2 do ar não teve efeito sobre o desenvolvimento das plantas de café. Novas avaliações devem ser realizadas, em continuidade ao presente trabalho, para a comprovação dos possíveis efeitos da atmosfera enriquecid... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Café; Clima; Coffea Arábica; Doença de planta; Ferrugem; Hemileia Vastatrix; Mudança Climática. |
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Thesaurus NAL: |
Climate change; face; Plant diseases and disorders; Rust diseases. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170485/1/2017AA26.pdf
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Marc: |
LEADER 02589nam a2200277 a 4500
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245 $aAvaliação da severidade de ferrugem e desenvolvimento de plantas de café cultivadas em experimento FACE ("Free Air Carbon Dioxide Enrichment").$h[electronic resource]
260 $aSumma Phytopathologica, v. 43, Feb. 2017. Supplement. Resumos do Congresso Paulista de Fitopatologia, 40., 2017, Campinas. Ref. 052.$c2017
300 $ap. 1-9
520 $aO clima do planeta vem se alterando gradativamente nas últimas décadas em consequência da intensificação das atividades antrópicas, como a queima de combustíveis fósseis e mudanças no uso da terra, que são responsáveis por alterações em diversos componentes do ambiente, como o dióxido de carbono (CO?), o ozônio (O3) e a radiação ultravioleta-B (UV-B). Considerando que o CO2 é o gás de efeito estufa que tem maior destaque devido ao maior volume de emissões, os efeitos do aumento da concentração de CO? do ar foram avaliados sobre a severidade da ferrugem e sobre o desenvolvimento de plantas de café (Catuaí Vermelho IAC 144) no ano de 2016 cultivado em duas concentrações atmosféricas de CO? em sistema - FACE (?Free Air Carbon Dioxide Enrichment?). O experimento foi realizado no campo experimental da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna-SP, (latitude 22°71?90??S, longitude 47°02?10??W, altitude de 570 m), sendo composto por 12 parcelas octogonais com laterais de quatro metros e 10 metros de diâmetro. A injeção de CO2 foi feita no período diurno, das 7 às 17h, em seis parcelas por meio de bicos injetores localizados nos lados das parcelas a 0,5m de altura do solo. Em condições de concentração elevada de CO? a severidade de ferrugem foi maior. O aumento da concentração de CO2 do ar não teve efeito sobre o desenvolvimento das plantas de café. Novas avaliações devem ser realizadas, em continuidade ao presente trabalho, para a comprovação dos possíveis efeitos da atmosfera enriquecida com CO2 e verificação da possível interação com outros fatores, como temperatura, vento e umidade relativa do ar.
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650 $aHemileia Vastatrix
650 $aMudança Climática
700 1 $aIOST, R.
700 1 $aBATISTA, E. R.
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Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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